Hệ vi sinh vật ảnh hưởng đến dinh dưỡng của cơ thể, sự trao đổi chất và các phản ứng miễn dịch của cơ thể. Các yếu tố miễn dịch thích nghi và bẩm sinh ảnh hưởng đến hệ vi sinh vật và chế độ ăn uống, thuốc men và độc tố. Bệnh tật của con người cũng làm thay đổi cấu hình hệ vi sinh vật.

Vi khuẩn được gọi là Streptococcus nhóm B (GBS) là nguyên nhân phổ biến của nhiễm trùng máu, viêm màng não và thai chết lưu ở trẻ sơ sinh. Mặc dù nhiễm trùng GBS thường có thể được điều trị hoặc ngăn ngừa bằng thuốc kháng sinh, nhưng vi khuẩn ngày càng trở nên kháng thuốc.