Biến thể Covid-19 ở Nam Phi được gán cho dòng PANGO C.1.2

Chia sẻ

Hội chứng hô hấp cấp tính nghiêm trọng coronavirus 2 (SARS-CoV-2), tác nhân gây ra đại dịch coronavirus đang diễn ra (COVID-19), được báo cáo lần đầu tiên vào năm 2019 tại Vũ Hán, Trung Quốc. Do sự tiến hóa liên tục của virus khi nó lưu hành trong cộng đồng dân cư toàn cầu, nhiều biến thể đã xuất hiện.

Một số biến thể này, chẳng hạn như Alpha và Delta, đã thể hiện khả năng lây nhiễm gia tăng đối với dòng Wuhan. Thậm chí còn có một số bằng chứng cho thấy rằng biến thể Delta đã thể hiện sự lẩn tránh miễn dịch do vắc-xin hoặc nhiễm một chủng trước đó gây ra.

Do đó, việc giám sát chặt chẽ các biến thể mới xuất hiện và khả năng vi-rút của chúng đã trở thành một yếu tố quan trọng của việc quản lý đại dịch - bên cạnh các chiến dịch tiêm chủng hàng loạt.

Phân loại các biến thể SARS-CoV-2

Các biến thể mới xuất hiện đã được phân loại là biến thể quan tâm (VOI) hoặc biến thể cần quan tâm (VOC) dựa trên hồ sơ lâm sàng và dịch tễ học của chúng. Hiện tại, trong số các chủng SARS-CoV-2 đang lưu hành, các biến thể Alpha, Beta, Gamma và Delta được phân loại theo VOC, trong khi Eta, Iota, Kappa và Lambda được phân loại là VOI.

Trong số các VOC, Alpha, Beta và Delta đã được báo cáo là có tác động toàn cầu tối đa do tốc độ lây truyền cao và khả năng né tránh các phản ứng miễn dịch của chúng. Giống như nhiều quốc gia trên toàn thế giới, Nam Phi cũng bị ảnh hưởng bởi biến thể Delta.

Giám sát bộ gen của các chủng SARS-CoV-2 ở Nam Phi

Việc giám sát bộ gen liên tục đối với các chủng SARS-CoV-2 ở Nam Phi đã cho thấy sự gia tăng số lượng trình tự thuộc dòng C.1 trong đợt thứ ba (tháng 5 năm 2021) của các ca nhiễm SARS-CoV-2. Quan sát này là bất ngờ vì C.1 được báo cáo lần cuối vào tháng 1 năm 2021.

Một nhóm các nhà nghiên cứu gần đây đã so sánh các cấu hình đột biến giữa các trình tự C.1 mới được xác định và cũ hơn. Họ phát hiện ra các trình tự mới xuất hiện có chứa đột biến D614G trong mức tăng đột biến. Trên toàn cầu, C1 thể hiện tốc độ truyền tối thiểu. Tuy nhiên, sau đó nó được phát hiện ở Mozambique có chứa các đột biến bổ sung và được gán cho dòng PANGO C.1.1.

Việc giám sát bộ gen liên tục đã dẫn đến việc xác định thêm nhiều trình tự mới ở Nam Phi, khác biệt với C.1.1. Các nhà khoa học đã gán chúng vào dòng PANGO C.1.2 vào ngày 22 tháng 7 năm 2021.

Nghiên cứu này có sẵn trong máy chủ in sẵn medRxiv *, trong khi bài báo được đánh giá ngang hàng.

C.1.2 rất đột biến so với C.1 và tất cả các VOC và VOI khác được xác định cho đến nay. Các nhà nghiên cứu tiết lộ rằng C.1.2 gần với biến thể Lambda hơn (C.37) về mặt phát sinh loài.

Vào tháng 5, dòng C.1.2 được phát hiện lần đầu tiên ở các tỉnh Mpumalanga và Gauteng của Nam Phi. Ngay sau đó, nó đã được phát hiện ở nhiều khu vực, chẳng hạn như các tỉnh KwaZulu-Natal và Limpopo của Nam Phi, cũng như ở Anh và Trung Quốc. Đến ngày 13 tháng 8, nó được tìm thấy ở phần lớn các tỉnh Nam Phi, bao gồm cả Đông Cape và Western Cape. Nó cũng được phát hiện ở New Zealand, Mauritius, Cộng hòa Dân chủ Congo (DRC), Bồ Đào Nha và Thụy Sĩ.

Các tác giả của nghiên cứu này đã xác định được 63 trình tự phù hợp với dòng C.1.2, trong đó 59 trình tự được sử dụng để phân tích phát sinh loài và / hoặc phân tích cành. Việc giám sát bộ gen SARS-CoV-2 đang diễn ra và thường có thời gian trễ khoảng 2-4 tuần kể từ khi lấy mẫu và dữ liệu được công bố công khai trên Sáng kiến Toàn cầu về Chia sẻ Tất cả Dữ liệu về Bệnh cúm (GISAID). Các nghiên cứu của nghiên cứu hiện tại đã quan sát thấy sự gia tăng ổn định số lượng bộ gen C.1.2 ở Nam Phi.

Các nhà nghiên cứu tiết lộ rằng sự phát triển của SARS-CoV-2 vào năm 2020 là 8x10 -4 lần thay thế / vị trí / năm, tương ứng với 24 lần thay thế mỗi năm. Tuy nhiên, phát sinh loài toàn cầu, bao gồm các trình tự C.1.2, đã cho thấy tốc độ đồng hồ cao hơn một chút là 26,6 thay thế mỗi năm. Trong số phần lớn các trình tự, tỷ lệ thay thế của trình tự C.1.2 được tìm thấy là cao hơn nhiều.

Mặc dù C.1.2 chia sẻ các đột biến tương tự với C.1, nhưng nó có một số đột biến bổ sung nhất định trong các protein ORF1ab, spike, ORF3a, ORF9b, E, M và N. Nhiều đột biến trong số này đã xảy ra ở vùng tăng đột biến. Hơn 50% số virus được chỉ định là C.1.2 chứa 14 đột biến. Các nhà nghiên cứu đã tiết lộ rằng năm trong số mười bốn đột biến hiện diện trong NTD, ba đột biến nằm trong mô-típ liên kết thụ thể (RBM) và hai đột biến ở gần vị trí phân cắt furin. Bốn đột biến còn lại là P9L, D614G, H655Y và T859N.

Các nhà khoa học đã ước tính rằng 52% đột biến tăng đột biến được phát hiện trong C.1.2 trước đây đã được xác định trong VOI và VOC khác. Một số đột biến thường gặp giữa C.1.2 và các VOI và / hoặc VOC khác. Ví dụ: D614G phổ biến trên tất cả các biến thể, đột biến E484K và N501Y được tìm thấy trong các biến thể Beta và Gamma, N501Y trong Alpha và E484K được tìm thấy trong biến thể Eta.

Kết luận

Nghiên cứu hiện tại đã tiến hành giám sát bộ gen của SARS-CoV-2 trong đợt lây nhiễm thứ ba ở Nam Phi và có thể xác định được một biến thể SARS-CoV-2 mới. Chủng này được gán cho dòng PANGO C.1.2, cũng được phát hiện ở Châu Âu, Châu Á, Châu Phi và Châu Đại Dương. Hiện tại, các tác giả của nghiên cứu này đang xác định tác động của biến thể C.1.2 lên kháng thể trung hòa sau nhiễm trùng tự nhiên hoặc phản ứng miễn dịch do vắc xin ở Nam Phi.

Nguồn: https://www.news-medical.net/news/20210826/Potential-variant-of-interest-in-South-Africa-assigned-to-the-PANGO-lineage-C12.aspx